A peine sur le trône, Fédor II est contesté par les boyards, qui refusent de lui porter allégeance. Il croit pouvoir compter sur le soutien de l'aristocrate Piotr Basmanov, qui le trahit et se rallie rapidement à la cause de Grégori Otrepiev.
Le règne du jeune Fédor se termine après à peine un mois et 19 jours (le 20 juin 1605) dans une scène de violence habituelle dans l'histoire russe. Il est étranglé, ainsi que sa mère.