Ahmès-Néfertary est l'épouse et probablement la soeur du pharaon Ahmosis, fondateur de la XVIIIe dynastie. Le pharaon Ahmosis est considéré comme le fondateur du Nouvel Empire, durant lequel la puissance égyptienne atteint son apogée. Durant son règne, il poursuit la reconquête du delta du Nil qui s'achève par l'expulsion des Hyksôs. Il restaure la domination thébaine sur l'ensemble de l'Égypte et réaffirme avec succès la puissance égyptienne au-delà de ses frontières. Les anciens territoires de la Nubie et de Canaan sont alors à nouveau sous son contrôle. Il réorganise l'administration du pays, rouvre des carrières, des mines et des routes commerciales et commence de grands projets de construction d'une importance jamais atteinte depuis le Moyen Empire qui aboutissent à l'édification de la dernière pyramide d'Égypte.
Ahmès-Néfertary est née de la grande épouse royale, mère d'Ahmosis, la reine Iâhhotep Ire. Elle épouse son frère après l'an 18, et lui donne au moins trois enfants. Elle lui survécut, traversant le règne de son fils et successeur Amenhotep Ier, et présente encore aux côtés de la reine Ahmès, épouse de Thoutmôsis Ier.
Son association à certaines réalisations de son époux est très étroite, elle est la première reine à assumer la fonction sacerdotale de divine adoratrice d'Amon ; en tant qu'"épouse du dieu", elle réorganise le culte, y gagnant en prestige au point de devenir une sainte patronne de la nécropole thébaine, avec une barque sacrée qui était sortie lors des processions liées aux grandes fêtes.
Elle sera adorée comme une divinité dans un culte funéraire de Thèbes au moins jusqu'à la XXIe dynastie. Ahmès-Néfertari sera particulièrement vénérée à Deir el-Médineh. Célébrée comme l'ancêtre bienfaisante des dynasties suivantes, elle est représentée avec les mêmes attributs qu'une déesse. Elle est notamment assimilée à Isis et Hathor.